En 1626 fue enviado a Flandes a la guerra contra las Provincias Unidas y después representó a la nobleza como diputado ante las cortes de Aragón. Fue fiscal del Consejo de Guerra y del Supremo de Indias en Madrid, pero finalmente, se ordenó de sacerdote y en 1639 fue consagrado obispo. Fue capellán de la emperatriz María y Limosnero del rey (encargado de distribuir las limosnas que los monarcas daban a las instituciones de beneficencia). En la corte, Palafox gozó del favor de Felipe IV por su gran entrega al interés real, se cuenta que decía del rey: “No nos importa la hacienda si nos falta su favor; no nos importa la vida, si duda su Majestad que con vivir le servimos; no tenemos más honra que la que nos acredita en su real concepto. Hacienda, vida y honra se han de posponer por asegurar su gracia, por evitar su indignación”.
En 1640 fue designado obispo visitador de Puebla, y por lo tanto, encargado de verificar las denuncias que había en contra de la orden de los Carmelitas Descalzos de Guadalajara; de atender las acusaciones de que los dominicos, agustinos, mercedarios, franciscanos y jesuitas de la zona de Veracruz, no obedecían sus reglamentos ni guardaban la clausura. Además, tenía el encargo de comprobar que se hubieran efectuado con rectitud los juicios de residencia de los dos virreyes, Cerralvo y Cadereyta, anteriores al marqués de Villena.
Como obispo se encargó de la organización del clero secular y de impulsar varias obras: las de la catedral de esa ciudad, la unión de los Seminarios de San Juan y San Pedro para la enseñanza de la gramática, la retórica , el canto llano, además de establecer el de San Pablo para otorgar grados académicos; asimismo fundó el convento de Santa Inés.
Al estallar la guerra de España con Portugal, Palafox ya era arzobispo de México y sugirió al virrey el retiro de todos los portugueses que vivían en Veracruz y los ubicara por lo menos a veinte leguas de la costa. Al virrey le pareció exagerado y no hizo caso a la sugerencia. Por esta actitud y otros indicios que creyó ver, Palafóx acusó al virrey Diego López Pacheco Cabrera y Bobadilla, Duque de Escalona y Marqués de Villena, de conspirar en contra del rey en apoyo a sus parientes, unos nobles portugueses que participaban destacadamente en esta guerra a favor del duque de Braganza. Debido a la confianza que le merecía, Felipe IV encargó a Palafox de destituir al virrey sospechoso de traición y asumir su puesto. En la madrugada del 9 de junio de 1642, Palafox, acompañado de los funcionarios virreinales, lo aprehendió, lo condujo al convento de Carmelitas en Churubusco, confiscó todos sus bienes y los puso a subasta pública, lo mandó de regreso a España y ocupó su lugar al frente de Nueva España al día siguiente, 10 de junio de 1642.
Desde su nueva y poderosa posición estableció medidas y reglamentos para regular la vida académica de la Universidad, y estableció cánones para el funcionamiento de la Audiencia (esto despertó la inconformidad de algunos oidores, a los que suspendió en sus funciones). Asimismo organizó 12 compañías de milicias para defender el reino (aunque no eran propiamente un ejército, son un valioso antecedente de éste). Relata Artemio del Valle-Arizpe (Virreyes y Vireinas de la Nueva España) que Palafox todo pretendía reformar y lo emprendía con prontitud y energía: “Lo imposible de remedio, dejarlo y llorarlo; más lo posible vencerlo y remediarlo”.
En noviembre del mismo año, llegó el nuevo virrey, García Sarmiento de Sotomayor, conde de Salvatierra, quien sustituyó a Palafox.
También fue juez de Guillén de Lampart, irlandés que había llegado con el virrey Marqués de Villena, y quien fue acusado de intentar derrocar al gobierno colonial para implantar la independencia de España. Lampart sería quemado vivo en 1559 (mismo año en que fallecería Palafox), hallado culpable de apostasía y luteranismo.
Palafox regresó a su obispado en Puebla. En el desempeño de ese cargo realizó una gran obra educativa: redactó una Constitución para la Universidad de México; fundó la biblioteca universitaria hoy llamada "Palafoxiana"; terminó la construcción de la catedral poblana, a la que añadió el seminario de San Juan y el de San Pedro para estudios de gramática latina; y fundó el convento de Santa Inés.
Como jurista, promovió la Recopilación de las Leyes de los Reinos de las Indias, realizada por Juan Solórzano Pereyra y Antonio León Pinelo.
Debido a la aclaración auténtica de puntos de jurisdicción eclesiástica, entró en una fuerte discusión con los jesuitas, la que dio lugar a un largo proceso en la curia romana, el que tuvo repercusiones en la propia España. En 1648 acusó de desobediencia y excomulgó a los jesuitas que reclamaban su autonomía. Al ganarle los jesuitas un juicio autorizado por el virrey y el arzobispo Juan de Mañozca, Palafox prohibió a los estudiantes asistir a los colegios de jesuitas y al ser reiteradamente desobedecido, entró a la iglesia de la Compañía, arrojó los cirios al suelo y demandó el castigo divino para los jesuitas desobedientes. Debido a estos incidentes, en mayo de 1649, pese a la confianza que le otorgaba, el rey Felipe IV ordenó a Palafox regresar a España, en donde fue sometido a un juicio de residencia, del cual salió absuelto, por lo que fue designado obispo de Osma.
Palafox fue un político por excelencia, un hombre eminentemente espiritual y un gran jurista con grandes ideales regalistas, según escribe Ernesto de la Torre Villar en su biografía: “Cumplió al máximo con esos ideales y su cumplimiento le acarreó su desgracia, su caída y el odio de sus enemigos. Fue sacrificado por cumplir con sus obligaciones políticas. Una política de acomodos, de concertacesiones como hoy se dice, victimó al funcionario que cumplía una misión propia del Estado. Supo aceptar con resignación y tristeza las decisiones acomodaticias del Estado y alejado de la política continuó cumpliendo con su calidad de pastor”
Murió el 1º de octubre de 1659 en la ciudad de Osma. Sus Constituciones de la Universidad de México fueron publicadas en 1668 en Nueva España.
Doralicia Carmona: MEMORIA POLÍTICA DE MÉXICO.
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